試薬および製造原料の輸入販売 シングルセル解析

核酸誘導体


DNA修飾への応用とその手順

クリック化合物は通常の生体物質とは反応しない特性があるため、オリゴヌクレオチド合成においても非常に有用です。前処理や精製の必要がない、または必要がある場合でも単純な過程で済む点は化合物のさらなる長所と言えます。しかしながら、Cu触媒を用いる方法は銅イオンがDNAを損傷しストランドの切断を引き起こすたため、DNAの修飾のための用途では使用例が限られていました。
これらの問題が銅(I)安定化リガンド(例えばtris(benzyltriazolylmethyl)amineやTBTA[2])の使用によって克服され、CarellらおよびSeelaらは、非常に高い効率でアルキン修飾DNA核酸塩基に官能機を付与するためにCuAAC反応を使用できることを見い出しました[3-5]。DNAクリック化合物を用いることで、広範囲に渡る応用が可能になります。

DNAおよびRNAの標識:アルキン化ホスホアミダイトの取り込みとアジド化マーカーによる標識[8]。
PCRアッセイ、PCRプライマー、およびその他のヌクレオチド混合物中に組み込んだアルキン化三リン酸による断片の修飾とアジド化マーカーによるPCR断片の標識[8]。
DNA合成前後の修飾のための多重標識プライマーとしてのオリゴヌクレオチド。
FISHプローブとして、およびFISH実験での使用。アルキン化オリゴヌクレオチドの使用とアジドマーカーによる標識。
DNAおよびRNAのPEG化。
修飾されたホスホアミダイト、ヌクレオシド3リン酸塩またはオリゴヌクレオチドを用いたマイクロアレイ。
ナノ粒子や生体物質との結合。

参考文献

[1] Oxidative Nucleobase Modifications Leading to Strand Scission; C. J. Burrows and J. G. Muller; Chem Rev 1998; 98: 1109-1152.
[2] Polytriazoles as copper(I)-stabilizing ligands in catalysis; T. R. Chan, R. Hilgraf, K. B. Sharpless and V. V. Fokin; Org Lett 2004; 6: 2853-5.
[3] Click chemistry as a reliable method for the high-density post-synthetic functionalization of alkyne-modified DNA; J. Gierlich, G. A. Burley, P. M. Gramlich, D. M. Hammond and T. Carell; Org Lett 2006; 8: 3639-42.
[4] DNA containing side chains with terminal triple bonds: Base-pair stability and functionalization of alkynylated pyrimidines and 7-deazapurines; F. Seela and V. R. Sirivolu; Chem Biodivers 2006; 3: 509-14.
[5] Click-click-click: single to triple modification of DNA; P. M. Gram-lich, S. Warncke, J. Gierlich and T. Carell; Angew Chem Int Ed Engl 2008; 47: 3442-4.
[6] New labelling strategies for the sensitive detection of analytes; Patent WO2006/117161
[7] Nucleosides and Oligonucleotides with Diynyl Side Chains: Base Pairing and Functionalization of 2‘-Deoxyuridine Derivatives by the CuI-Catalyzed Alkyne-Azide “Click’’ Cycloaddition; F. Seela, V. R. Sirivolu, Helv. Chim. Acta, 2007: 90, 535.
[8] Synthesis of highly modified DNA by a combination of PCR with alkyne-bearing triphosphates and click chemistry; J. Gierlich, K. Gutsmiedl, P. M. Gramlich, A. Schmidt, G. A. Burley and T. Carell; Chemistry 2007; 13: 9486-94.

クリック反応を利用したDNA修飾に関するその他の参考文献

A Programmable DNA-Based Molecular Valve for Colloidal Mesopo-rous Silica. A. Schlossbauer, S. Warncke, P. M. E. Gramlich, J. Kecht, A. Manetto, T. Carell, T. Bein, Angew. Chem. Int. Ed. 2010; 49: 4734-4737
Click Chemistry with DNA. A. H. El-Sagheer, T. Brown, Chem. Soc. Rev. 2010; 39: 1388-1405.
Click Chemistry as a Reliable Method for the High-Density Post-synthetic Functionalization of Alkyne-Modified DNA. J. Gierlich, G. A. Burley, P. M. E. Gramlich, D. M. Hammond, T. Carell, Org. Lett. 2006; 8: 3639‒3642.
Direct DNA Metallization. G. A. Burley, J. Gierlich, M. R. Mofid, S. T. H. Nir, Y. Eichen, T. Carell, J. Am. Chem. Soc. 2006; 128: 1398-1399.
DNA Containing Side Chains with Terminal Triple Bonds: Base Pair Stability and Functionalization of Alkynylated Pyrimidines and 7-Deazapurines. F. Seela, V. Ramana Sirivolu, Chemistry & Biodiver-sity 2006; 3: 509.
DNAPhotography: An Ultrasensitive DNA-Detection Method Based on Photographic Techniques. D. M. Hammond, A. Manetto, J. Gier-lich, V. A. Azov, P. M. E. Gramlich, G. A. Burley, M. Maul, T. Carell, Angew. Chem. Int. Ed. 2007; 46: 4184-4187.
Pronounced Effect of DNA Hybridization on Click Reaction Efficien-cy. C. T. Wirges, P. M. E. Gramlich, K. Gutsmiedl, J. Gierlich, G. A. Burley, T. Carell, QSAR Comb. Sci. 2007; 26: 1159‒1164.
Postsynthetic DNA Modification through the Copper-Catalyzed Azide-Alkyne Cycloaddition Reaction. P. M. E. Gramlich, C. T. Wirges, A. Manetto, T. Carell, Angew. Chem. Int. Ed. 2008; 47: 8350-8358.
Click Chemistry and Oligonucleotides: How a simple reaction can do so much. F. Morvan, A. Meyer, G. Pourceau, S. Vidal, Y. Chevolot, E. Souteyrand, J.-J. Vasseur Nucleic Acids Symposium Series 2008; 52: 47-48.

DNA修飾用クリック試薬

DNA2000 C8-Alkyne-dC-CEP

    カタログ番号 内容量

5‘-Dimethoxytrityl-N-benzoyl-[5-(octa-1,7-diynyl)-2‘-deoxy-
Cytidine]-3’-[(2-cyanoethyl)-(N, N-diisopropyl)]-phospho-
ramidite
MOLECULAR WEIGHT: 938,06 g/mole

DNA2000.0250
DNA2000.1000
250 mg
1 g

DNA2010 C8-Alkyne-dU-CEP

    カタログ番号 内容量

5‘-Dimethoxytrityl-[5-(octa-1,7-diynyl)-2‘-deoxyUridine]-3’-
[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]-phosphoramidite
MOLECULAR WEIGHT: 834,94 g/mole

DNA2010.0250
DNA2010.1000
250 mg
1 g

DNA2020 C8-TIPS-dC-CEP

    カタログ番号 内容量

5‘-Dimethoxytrityl-N-benzoyl-{5-[8-(triisopropylsilyl)octa-1,7-
diynyl]-2‘-deoxyCytidine}- 3‘-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]-
phosphoramidite
MOLECULAR WEIGHT: 1094, g/mole

DNA2020.0250
DNA2020.1000
250 mg
1 g

DNA2030 C8-TMS-dC-CEP

    カタログ番号 内容量

5‘-Dimethoxytrityl-N-benzoyl-{5-[8-(trimethylsilyl)octa-1,7-
diynyl]-2’-deoxyCytidine}-3’-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]-
phosphoramidite
MOLECULAR WEIGHT: 1010,24 g/mole

DNA2030.0250
DNA2030.1000
250 mg
1 g

DNA2050 C8-Alkyne-dCTP

    カタログ番号 内容量

5-(octa-1,7-diynyl)-2‘-deoxyCytidine triphosphate
MOLECULAR WEIGHT: 659,23 g/mole

DNA2050.0005
DNA2050.0025
DNA2050.0050
0,5 μmol
2,5 μmol
5,0 μmol

DNA2040 C8-Alkyne-dUTP

    カタログ番号 内容量

5-(octa-1,7-diynyl)-2‘-deoxyUridine triphosphate
MOLECULAR WEIGHT: 660,22 g/mole

DNA2040.0005
DNA2040.0025
DNA2040.0050
0,5 μmol
2,5 μmol
5,0 μmol

上記リストに掲載されている化合物以外にも、クリック反応用ホスホアミダイト誘導体、ヌクレオシド3リン酸誘導体オリゴヌクレオチド誘導体のカスタム合成も承ります。
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